몇 차례 획기적인 과학혁명을 통해 엄청난 발전을 이룩한 지구는 인간의 삶과 죽음을 분석하는 것을 가능하게 만들어 버린다. 삶 자체가 힘의 근원이고 힘의 근원은 바로 지구라는 원리까지 밝힌 인류는 어느 날 보이지 않는 적들의 공격으로 혼란을 맞게된다. 정체불명의 괴생명체들은 지구 상에 존재하는 모든 생명체로부터 에너지를 빼앗고 모든 과학 시설을 파괴하며 인류의 멸종을 위한 전쟁을 벌여 나간다. 이에 인간들은 이들에게 맞서보지만 강력한 힘을 가진 보이지 않는 적들에게는 역부족이다. 하루가 다르게 지구는 황폐해져가고, 수천만 명의 인간들이 보이지 않는 괴생명체의 먹이가 된다.

이에 살아남은 소수의 인간은 보다 조직적인 저항을 하기 위해 첨단 장비와 강력한 무기를 가진 소규모의 레지스탕즈 'DEEP EYES'를 만들고 과거의 전쟁영웅 '그레이'(알렉 볼드윈)를 캡틴으로, 보이지 않는 적과 맞서기 시작하는데... 시드박사(도널드 서덜랜드)의 신발명품으로 괴 생명체의 모습을 감지할 수 있게 된 레지스탕즈는 조금씩 적들을 제거해 나가지만 이미 지구의 모든 부분을 점령한 괴생명체를 감당할 수 없게 된다.

한편, 지구에 나타난 정체불명의 생명체를 연구해 나가던 여성 과학자 '아키'(밍-나)는 그 생명체들의 언어코드를 깰 수 있는 법을 밝혀 내고 지구상에 있는 어떤 힘이 어느 정도 침입자들의 행동 반경을 좁혀주고 있다는 사실을 알게 되면서 그 어떤 힘의 근원을 찾아 여기저기 위험한 모험을 감행한다.

그러던 중, 위기에 몰린 '아키'는 레지스탕즈의 영웅 '그레이' (알렉 볼드윈)와 그의 팀에게 도움을 받게되고 '아키'는 자신만이 알고 있는 힘의 비밀을 '그레이'에게 말하고 도움을 요청한다. 그녀의 끈질긴 설득에 결국 '그레이'와 그의 팀은 '아키'와 함께 힘의 근원을 찾아 모험을 떠나는데...

그들을 향한 보이지 않는 적들의 공격은 더욱 거세어만 간다.