서기 2029년. 세계는 극도로 정보화되었고, 인간들 역시 잘 발달된 정보망으로 연결되어 있다. 범죄 역시 그 방면으로 발달, 네트워크의 해킹이 극심하다. 쿠사나기 소령을 포함한 9과의 사람들은 이런 범죄를 담당한다. 쿠사나기는 뇌의 일부를 제외한 몸 전체가 사이보그(의체)로, 사건 해결의 중추를 담당하고 있다. 고스트라는 것은 인간의 정신과도 같은 것인데, 자잘한 업무에는 고스트가 없는 사이보그가 앉아 있는 경우가 많다.

어느날 그곳에 인형사(Puppet Master)라는 범죄자가 나타난다. 인형사는 고스트를 조작하는 등의 범죄를 저질렀었고, 어느날 우연히 발견되었다. 9과에서는 인형사의 고스트로 다이브(연결하여 의식을 점검하는 것)를 시도하고, 쿠사나기가 그 일을 하기로 한다. 하지만 인형사는 스스로 깨어나 자신이 정보의 바다에서 태어난 생명체라고 말하는데...