그 후 50년의 세월이 흘렀다. 피터팬을 따라 네버랜드에 다녀온 추억이 있는 웬디는 어른이 되어 두 자녀를 키운다. 하지만 환타지의 세계였던 네버랜드와는 달리 웬디의 현실 세계는 전쟁의 포화로 끔찍하기만 하다. 웬디의 딸 제인에게도 그런 현실이 공포스럽기만 하다. 웬디는 제인이 조금이나마 공포를 잊을 수 있도록 도와줄 목적에서 <피터팬>의 동화를 들려주지만 제인에겐 그런 이야기가 너무나 비현실적이기만 하다.

축제의 불꽃 대신 포염이 하늘을 뒤덮은 런던의 밤하늘에 커다란 범선이 날고 있다. 후크 선장이 웬디를 납치하려고 온 것이다. 후크 선장은 자신이 웬디를 납치하면 그녀를 구해주려고 피터팬이 나타날 것이고 그렇게만 되면 피터팬이 영원히 제거될 수 있으리라고 믿었던 것이지만 안타깝게도 후크 선장이 납치한 사람은 웬디가 아니라 제인이었다.

어디로 끌려갈지 모르는 위기에 빠진 제인의 앞에 피터팬이 나타난다. 어머니가 들려준 이야기에서 들었던 동화속의 피터팬이 자신의 눈앞에 나타난 것이 아닌가! 피터팬의 도움을 받은 제인은 아름다운 환타지의 세계인 네버랜드로 날아간다. 제인은 그곳에서 고아 소년들도 만나고 광채로 빛나는 팅커벨도 만난다.이제 피터팬과 제인의 새로운 모험이 시작되는데..!