유령을 쫓거나 불가사의한 사건을 해결해온 미스터리 주식회사의 멤버들. 성격차이로 서로 뿔뿔이 흩어진 지 2년 후, 이들은 다시 미스테리 주식회사를 재결성해서 스푸키 섬에서 발생한 사건을 맡게 된다.

스푸키 섬에서 초자연적인 현상이 계속 발생하자, 손님이 끊길 것을 염려한 섬 주인 몬다바리어스는 수사를 의뢰하기 위해 미스터리 주식회사 멤버들을 초대한다. 미스터리 주식회사 멤버는 스쿠비-두라는 말하는 견공과 프레드, 다프네, 섀기, 벨마로 구성되어 있다.

본의 아니게 다시 한자리에 모인 멤버들은 서로의 성격차이와, 과거의 갈등을 묻어둔 채 한마음으로 사건해결에 임하는데... 과연 이들은 알 수 없는 존재의 위협으로부터 자신들과, 나아가서 인류까지 구해낼 수 있을 것인가?