스파이 업계 최고의 비밀요원 오스틴 파워는 세계 정복을 노리지만 지금껏 헛물만 켜온 닥터 이블을 상대로 오늘도 맹활약 중이다. 번번이 오스틴 파워에게 당한 닥터 이블 일행은 필사의 반격을 위해 골드멤버라는 새로운 파트너를 영입해 더욱 막강해진다. 오스틴 파워를 없애야 세계 정복이 가능하다는 결론을 내린 닥터 이블은 눈 안의 가시 같은 존재인 오스틴 파워를 제거하기 위해 모종의 음모를 꾸미는데...

그들의 첫 번째 작전은 오스틴 파워의 아버지 나이젤 파워를 납치하는 것. 그리고 두 번째 작전은 일명 'Preparation H'. H 작전이란 바로 인공위성을 이용해 남극의 얼음을 녹여 지구를 물에 잠기게 하는 것. 초대형 잠수정까지 준비한 닥터 이블의 지구 정복 계획은 더욱 치밀해지는데... 이에 오스틴 파워는 골드멤버와 닥터 이블을 체포하고 아버지를 구하기 위해 FBI 정예요원 폭시 클레오파트라와 팀을 이뤄 전 세계를 무대로 시공간을 초월한 험난한 여정을 시작하는데...