과거 FBI최고 요원이었지만 아내의 죽음으로 인한 정신적 충격으로 FBI를 그만두고 현상범 사냥꾼으로 살아가던 엑스는 이번 임무를 거절하지만 FBI는 아내의 생존에 관한 정보를 미끼로 그를 이번 사건에 투입시킨다. 어쩔 수 없이 일에 개입된 엑스는 특유의 직감으로 전 DIA 특수요원 코드네임 세버를 용의자로 지목하는데...

모든 것이 베일에 쌓여있는 세버를 추적하던 엑스는 대형 쇼핑몰에서 그녀를 포착하지만 비밀리에 세버를 추적하던 DIA 특수기동대가 엑스보다 한발 먼저 그녀를 잡으려 한다. 그러나, DIA최고의 인간병기로 양성된 세버는 수 백 명의 저격수와 기동대를 무력화시키며 현장을 쑥대밭으로 만들고 유유히 사라지고 엑스가 그녀를 뒤쫓는다.

쫓고 쫓기는 추격전 끝에 항구에서 정면대결을 벌이는 엑스와 세버. 손에 땀을 쥐게 하는 승부, 우열을 가리기 힘든 격투. 그러나 첫 번째 대결은 세버의 승리로 돌아가고 DIA요원의 방해를 틈타 세버는 다시 사라진다.

짧은 만남이었지만 엑스는 이번 사건에 뭔가 엄청난 진실이 숨어있다고 느끼고 진실에 다가가기 위한 수사를 시작하는데.. 보이지 않는 엄청난 음모가 엑스의 뒤를 쫓고 결국 엑스는 세버와 함께 파트너가 되어 그 음모에 맞서야할 운명에 처하게 된다.

최강의 적수인 그들이 최고의 파트너가 될 수 있을 것인가!